Charolles est, dans l'Antiquité déjà, un territoire stratégique qui relie l'Ouest et l'Est, encadré par deux rivières qui assurent à la fois sa prospérité, mais lui amènent également de nombreuses menaces au fil des siècles. 

Après avoir appartenu au comté d'Autun puis de Chalon-sur-Saône, Charolles et rattachée en 1272 au Comté du Charolais nouvellement créé, dont elle devient la capitale.

Des moine sont installés à Charolles dès 929. En 1044, un prieuré dédié à Sainte-Marie-Madeleine est édifié sur la colline qui fait face au château de Charolles, hors des murs du bourg. Ce prieuré est rattaché à l'Abbaye de Cluny en 1103.

Au XVe siècle, le prieuré est détruit par les conflits de l'époque, puis reconstruit par Sébastien de Rabutin, prieur commendataire. Sous son impulsion, le prieuré prend son apparence actuelle de demeure seigneuriale de la Renaissance. Le logis du prieur, seul vestige actuel du prieuré, date de cette époque. Au siècle suivant, l'église priorale romane est détruite pendant les guerres de religion. Seuls quelques chapiteaux romans sculptés sont aujourd'hui conservés et exposés.

Aux XIXe et XXe siècles, les bâtiments servent successivement d'écoles et d'annexe hospitalière, ces derniers ayant été vendus comme biens nationaux après la Révolution. La municipalité de Charolles rachète l'entièreté des bâtiments en 1987. Ils sont par la suite inscrits au titre des Monuments Historiques, et la grande salle d'apparat et sa poutre sculptée sont mêmes classées Monument Historique et restaurées en 2003.

Le Musée du Prieuré - Jean Laronze y est installé depuis 1994. 

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